La préparation des échantillons est une étape préliminaire cruciale de l'ensemble du processus d'analyse, son but est d'obtenir des résultats analytiques propres et meilleurs en ayant des échantillons correctement prétraités. Grâce aux procédures de préparation des échantillons, les composés interférants peuvent être éliminés pour minimiser le bruit dans les données chromatographiques, ou les analytes d'intérêt dans les échantillons peuvent être enrichis, pour s'assurer que les composés cibles se distinguent dans les résultats. De plus, la concentration et le séchage peuvent impliquer dans la préparation de l'échantillon pour un meilleur processus. Le prétraitement des échantillons peut varier en fonction des analytes ciblés et de la matrice des échantillons. Et les étapes communes de la préparation de l'échantillon sont la manipulation de liquide, l'extraction, la concentration puis la purification.
Cependant, la préparation des échantillons peut prendre beaucoup de temps et être la principale source d'erreur pour les résultats d'analyse, et le fonctionnement manuel de la préparation des échantillons est le facteur clé de ses erreurs. Pour tenir compte de ces questions, la préparation automatisée des échantillons peut minimiser l'allocation des ressources pour les tâches répétitives telles que la manipulation de liquides et de solides, le capsulage et le transfert d'échantillons pour augmenter la productivité du laboratoire et rationaliser le flux de travail. Cela permet de réaffecter le personnel de laboratoire à des tâches essentielles à la mission, telles que l'analyse des données et la production de rapports. Le prétraitement automatisé des échantillons peut également réduire l'utilisation de solvants et la production de déchets dangereux tout en améliorant la sécurité des analystes en réduisant l'exposition aux réactifs et aux échantillons dangereux.